PROSITE logo

PROSITE entry PS50066

View entry in NiceSite format
View entry in raw text format (no links)
ID   MADS_BOX_2; MATRIX.
AC   PS50066;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   MADS-box domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4192000; R2=0.0140178; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4160.3984375; R2=5.9630995; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=577; H_SCORE=7601; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; H_SCORE=6748; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-18,-21,-26,-16,-5,-21,-2,13,-4,12,45,-17,-20,1,-2,-17,-9,7,-21,-2,-8;
MA   /M: SY='G'; M=6,-9,-25,-10,-14,-26,44,-19,-30,-16,-24,-17,-2,-17,-16,-18,3,-9,-21,-22,-26,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-11,-29,-11,-14,-26,36,-16,-32,-4,-25,-15,-2,-20,-12,3,-4,-16,-21,-21,-23,-14;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-1,-30,-1,10,-30,-20,-9,-30,47,-29,-10,0,-11,12,32,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-27,-26,-35,-26,-2,-36,-27,40,-25,16,16,-20,-21,-16,-25,-16,-7,28,-22,-3,-25;
MA   /M: SY='E'; M=-10,4,-31,10,40,-33,-20,1,-26,12,-21,-13,-1,1,30,4,-1,-10,-29,-26,-17,35;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-27,-37,-27,2,-36,-25,41,-28,25,24,-22,-22,-18,-26,-22,-10,25,-20,0,-26;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-28,1,15,-29,-18,-7,-29,36,-27,-12,1,-10,13,27,-4,-8,-21,-23,-12,13;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-12,-29,-12,-3,-8,-22,-1,-23,19,-17,-7,-5,-13,2,40,-12,-10,-17,-15,-1,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-29,-39,-29,1,-39,-29,47,-30,23,20,-21,-21,-20,-29,-21,-10,28,-20,0,-29;
MA   /M: SY='E'; M=-11,12,-29,21,48,-29,-19,-2,-29,9,-19,-19,1,-3,15,0,-1,-8,-27,-30,-18,31;
MA   /M: SY='N'; M=-13,43,-23,33,5,-25,-3,7,-25,0,-30,-23,49,-17,0,-3,7,-3,-30,-40,-20,3;
MA   /M: SY='K'; M=-2,1,-23,2,5,-25,-14,-9,-21,13,-22,-12,2,-8,6,8,4,1,-15,-27,-14,5;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-18,-12,-9,-12,-21,-14,-4,-7,-6,-4,-1,-15,-3,-1,6,21,-1,-27,-9,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,21,-21,10,1,-21,-6,6,-22,7,-28,-17,35,-17,2,11,10,1,-24,-35,-16,1;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-2,-28,-3,13,-31,-21,15,-18,5,-17,0,-1,-13,45,6,-1,-7,-25,-19,-2,28;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-22,-11,-24,-26,-2,-27,-26,23,-18,5,6,-20,-28,-26,-18,-6,3,40,-31,-11,-26;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-36,-28,70,-30,-12,0,-26,8,0,-20,-30,-34,-18,-20,-10,-2,14,40,-28;
MA   /M: SY='S'; M=6,-3,5,-7,-7,-18,-8,-15,-16,-13,-23,-16,4,-15,-6,-14,26,17,-7,-38,-19,-7;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-7,-30,-7,3,-23,-20,-3,-30,36,-23,-10,0,-17,10,57,-10,-10,-20,-20,-10,3;
MA   /M: SY='N'; M=2,13,-17,1,-4,-13,-7,4,-17,-5,-21,-14,24,-16,-4,-6,9,4,-17,-30,-12,-4;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-29,-10,-19,-30,68,-20,-39,-20,-30,-20,0,-20,-19,-20,1,-19,-29,-21,-30,-19;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,32,-30,37,20,-26,-26,-20,-24,-25,-10,19,-20,0,-24;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-28,-21,-34,-24,26,-29,-17,18,-25,27,23,-24,-27,-21,-19,-23,-10,10,-12,8,-22;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='A'; M=47,-10,-11,-20,-10,-20,-1,-19,-11,-8,-10,-10,-10,-10,-9,-16,9,0,-1,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-4,-28,-7,-6,0,-19,20,-16,5,-15,-5,1,-21,1,4,-11,-11,-19,-5,26,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,25,-30,45,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,14,-20,0,-22;
MA   /M: SY='S'; M=13,-2,-10,-5,-4,-17,-5,-14,-15,-10,-22,-16,4,-11,-4,-12,31,23,-5,-35,-18,-4;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-28,-13,-30,-28,0,-30,-28,28,-21,14,11,-27,-28,-27,-20,-11,1,41,-28,-8,-28;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='C'; M=-8,-15,90,-25,-25,-18,-28,-28,-25,-25,-18,-18,-15,-33,-25,-25,-3,4,-8,-45,-25,-25;
MA   /M: SY='D'; M=-14,32,-30,46,12,-37,7,-4,-38,-4,-29,-26,13,-12,0,-11,0,-12,-30,-34,-22,6;
MA   /M: SY='A'; M=34,-10,-1,-18,-11,-18,-6,-20,-10,-12,-12,-11,-9,-13,-11,-19,12,6,1,-26,-19,-11;
MA   /M: SY='E'; M=-11,10,-29,15,37,-30,-18,-1,-29,17,-23,-16,4,-5,19,9,-1,-8,-27,-28,-16,28;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-16,-33,-30,0,-33,-30,36,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,44,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='A'; M=20,-11,-8,-17,-11,-14,-4,-16,-8,-14,-6,-3,-8,-16,-9,-17,8,2,-2,-27,-16,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-18,-31,-24,6,-31,-24,26,-27,37,17,-29,-29,-23,-21,-24,-7,23,-23,-3,-24;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-24,-36,-27,3,-36,-27,39,-29,27,19,-24,-24,-21,-26,-21,-9,27,-21,-1,-27;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-28,-21,-35,-28,0,-33,-25,37,-23,17,23,-24,-24,-20,-23,-17,-6,34,-24,-4,-27;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-29,-19,-36,-27,46,-29,-22,11,-28,17,6,-22,-28,-32,-21,-19,-8,10,-4,14,-27;
MA   /M: SY='S'; M=13,0,-12,-2,-3,-21,5,-11,-21,-10,-28,-19,9,-11,-3,-11,33,14,-11,-36,-21,-3;
MA   /M: SY='S'; M=-2,7,-20,6,11,-23,-7,0,-23,-3,-27,-18,13,-1,3,-6,17,5,-21,-35,-18,6;
MA   /M: SY='T'; M=-2,3,-17,-4,-3,-18,-11,-9,-19,3,-20,-13,9,-13,0,10,13,17,-12,-30,-14,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-4,2,-28,-1,-13,-27,45,-10,-34,-13,-28,-19,12,-20,-13,-11,1,-15,-29,-25,-25,-14;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-7,-27,-7,2,-20,-22,-4,-20,27,-13,-4,-5,-15,4,23,-12,-7,-14,-21,-7,2;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-28,-18,-30,-23,11,-29,-19,20,-24,32,19,-28,-29,-21,-19,-22,-7,18,-19,2,-22;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16,22,-27,37,-8,-14,-4,1,-11,-27,-9,-9,-17,-13,-14,6,50,-16;
MA   /M: SY='E'; M=-8,12,-25,17,32,-27,-18,0,-26,3,-19,-17,3,-5,12,-3,4,4,-22,-30,-15,22;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-26,-24,-31,-25,55,-30,-3,1,-22,8,1,-21,-30,-26,-16,-21,-10,-4,17,49,-25;
MA   /M: SY='A'; M=19,-8,-2,-14,-9,-16,-8,-15,-11,-13,-14,-11,-4,-14,-9,-16,16,11,-3,-30,-17,-9;
MA   /M: SY='S'; M=4,3,-8,-3,-5,-17,-5,-12,-18,-10,-23,-17,10,-12,-5,-10,28,26,-9,-36,-17,-5;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-7,-28,-4,-2,-22,-17,-12,-17,-5,-23,-15,-5,31,-7,-8,0,1,-17,-29,-18,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-4,10,-23,11,3,-27,4,-8,-29,7,-29,-19,12,-12,0,0,10,0,-21,-31,-19,2;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=210(210); /POSITIVE=210(210); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=MADS-box;
CC   /VERSION=6;
DR   Q96355   , 1AP1_BRAOT , T; Q96356    , 2AP1_BRAOT , T; 
DR Q39371 , 3AP1_BRAOL , T; Q9LSB2 , AG103_ARATH, T;
DR Q9LM46 , AG104_ARATH, T; F6I457 , AG11C_VITVI, T;
DR A0A217EJJ0, AG11S_VITVI, T; Q38836 , AGL11_ARATH, T;
DR Q38841 , AGL12_ARATH, T; Q38837 , AGL13_ARATH, T;
DR Q38838 , AGL14_ARATH, T; Q38847 , AGL15_ARATH, T;
DR Q39295 , AGL15_BRANA, T; A2RVQ5 , AGL16_ARATH, T;
DR Q38840 , AGL17_ARATH, T; Q9M2K8 , AGL18_ARATH, T;
DR O82743 , AGL19_ARATH, T; P29381 , AGL1_ARATH , T;
DR Q9SZJ6 , AGL21_ARATH, T; O80807 , AGL23_ARATH, T;
DR O82794 , AGL24_ARATH, T; Q9AT76 , AGL27_ARATH, T;
DR Q9LMM8 , AGL28_ARATH, T; O64703 , AGL29_ARATH, T;
DR Q1PFA4 , AGL30_ARATH, T; Q9FPN7 , AGL31_ARATH, T;
DR Q7XJK6 , AGL36_ARATH, T; P29383 , AGL3_ARATH , T;
DR Q9FIS1 , AGL42_ARATH, T; Q9ZUI9 , AGL49_ARATH, T;
DR Q7X9N2 , AGL53_ARATH, T; P29385 , AGL5_ARATH , T;
DR Q4PSU4 , AGL61_ARATH, T; Q9FKK2 , AGL62_ARATH, T;
DR Q9SA07 , AGL63_ARATH, T; Q7X9I0 , AGL65_ARATH, T;
DR Q1PFC2 , AGL66_ARATH, T; P29386 , AGL6_ARATH , T;
DR Q9LSR7 , AGL70_ARATH, T; Q9LT93 , AGL71_ARATH, T;
DR Q9FLH5 , AGL72_ARATH, T; Q9FLL0 , AGL75_ARATH, T;
DR Q9FJK3 , AGL80_ARATH, T; Q9FIX0 , AGL81_ARATH, T;
DR Q9FIM0 , AGL82_ARATH, T; Q9C6V3 , AGL86_ARATH, T;
DR Q38876 , AGL8_ARATH , T; Q41274 , AGL8_SINAL , T;
DR O22328 , AGL8_SOLCO , T; Q40170 , AGL8_SOLLC , T;
DR Q42429 , AGL8_SOLTU , T; Q7XJK5 , AGL90_ARATH, T;
DR Q9C6V4 , AGL92_ARATH, T; Q7X9H9 , AGL93_ARATH, T;
DR Q9C633 , AGL97_ARATH, T; Q38694 , AGL9_ARADE , T;
DR Q03489 , AGL9_PETHY , T; O04067 , AGL9_SINAL , T;
DR Q42464 , AGL9_SOLLC , T; P17839 , AG_ARATH , T;
DR Q01540 , AG_BRANA , T; Q40872 , AG_PANGI , T;
DR Q40885 , AG_PETHY , T; Q40168 , AG_SOLLC , T;
DR Q43585 , AG_TOBAC , T; Q9SI38 , ANR1_ARATH , T;
DR B4YPW6 , AP1A_BRAOA , T; Q8GTF5 , AP1A_BRAOB , T;
DR B4YPV4 , AP1C_BRAOA , T; Q8GTF4 , AP1C_BRAOB , T;
DR D7KWY6 , AP1_ARALL , T; P35631 , AP1_ARATH , T;
DR P0DI14 , AP1_BRARP , T; A2IB53 , AP1_CITSI , T;
DR Q41276 , AP1_SINAL , T; Q6E6S7 , AP1_VITVI , T;
DR Q9LLA7 , AP32_ASAEU , T; P35632 , AP3_ARATH , T;
DR E0CPH4 , AP3_VITVI , T; P07249 , ARGR1_YEAST, T;
DR Q6R4R9 , CALA_BRAOB , T; Q6R4R8 , CALB_BRAOB , T;
DR Q6R4R7 , CALC_BRAOB , T; Q6R4R6 , CALD_BRAOB , T;
DR D7KQR8 , CAL_ARALL , T; Q39081 , CAL_ARATH , T;
DR Q39375 , CAL_BRAOT , T; Q6R4S6 , CAL_BRARC , T;
DR Q9SBK9 , CAL_BRARP , T; Q6R4S3 , CAL_BRARR , T;
DR Q39685 , CMB1_DIACA , T; Q42498 , CMB2_DIACA , T;
DR Q8RVL4 , DEF21_ANTMA, T; P23706 , DEFA_ANTMA , T;
DR Q7Y040 , EJ2_SOLLC , T; Q03488 , FBP1_PETHY , T;
DR Q9ATE5 , FBP24_PETHY, T; Q9S7Q7 , FLC_ARATH , T;
DR D7SMN6 , FULL_VITVI , T; Q9XGJ4 , GGM13_GNEGN, T;
DR Q03378 , GLOB_ANTMA , T; Q03416 , GLOB_TOBAC , T;
DR K4DEK0 , J2_SOLLC , T; Q9FUY6 , JOIN_SOLLC , T;
DR Q8VWM8 , M17_MAIZE , T; Q2QW53 , MAD13_ORYSJ, T;
DR P0C5B1 , MAD14_ORYSI, T; Q10CQ1 , MAD14_ORYSJ, T;
DR Q6Q9I2 , MAD15_ORYSJ, T; Q944S9 , MAD16_ORYSJ, T;
DR Q7XUN2 , MAD17_ORYSJ, T; A2YNI2 , MAD18_ORYSI, T;
DR Q0D4T4 , MAD18_ORYSJ, T; Q2QQA3 , MAD20_ORYSJ, T;
DR Q8RU31 , MAD21_ORYSJ, T; Q9XJ66 , MAD22_ORYSJ, T;
DR Q6VAM4 , MAD23_ORYSJ, T; Q84NC5 , MAD25_ORYSJ, T;
DR A2YQK9 , MAD26_ORYSI, T; Q0J8G8 , MAD26_ORYSJ, T;
DR Q6EP49 , MAD27_ORYSJ, T; Q6H711 , MAD29_ORYSJ, T;
DR Q655V4 , MAD30_ORYSJ, T; Q84NC2 , MAD31_ORYSJ, T;
DR Q8S151 , MAD32_ORYSJ, T; Q2QW55 , MAD33_ORYSJ, T;
DR Q6Q9H6 , MAD34_ORYSJ, T; Q5K4R0 , MAD47_ORYSJ, T;
DR Q9XJ60 , MAD50_ORYSJ, T; Q9XJ61 , MAD51_ORYSJ, T;
DR Q69TG5 , MAD55_ORYSJ, T; A2Z9Q7 , MAD56_ORYSI, T;
DR P0C5B2 , MAD56_ORYSJ, T; Q6Z6W2 , MAD57_ORYSJ, T;
DR Q2V0P1 , MAD58_ORYSJ, T; A2XDY1 , MADS1_ORYSI, T;
DR Q10PZ9 , MADS1_ORYSJ, T; Q07472 , MADS1_PETHY, T;
DR Q93XH4 , MADS1_VITVI, T; Q40702 , MADS2_ORYSJ, T;
DR Q07474 , MADS2_PETHY, T; Q8LLR2 , MADS2_VITVI, T;
DR Q40704 , MADS3_ORYSJ, T; Q8LLR1 , MADS3_VITVI, T;
DR Q40703 , MADS4_ORYSJ, T; K4BND8 , MADS4_SOLLC, T;
DR Q8LLR0 , MADS4_VITVI, T; A2Y9P0 , MADS5_ORYSI, T;
DR Q0DEB8 , MADS5_ORYSJ, T; Q6EU39 , MADS6_ORYSJ, T;
DR P0C5B0 , MADS7_ORYSI, T; Q0J466 , MADS7_ORYSJ, T;
DR Q9SAR1 , MADS8_ORYSJ, T; Q0HA25 , MADS9_VITVI, T;
DR Q683D7 , MAF5_ARATH , T; O42954 , MBX1_SCHPO , T;
DR Q5AFP3 , MCM1_CANAL , T; P11746 , MCM1_YEAST , T;
DR A2VDZ3 , MEF2A_BOVIN, T; Q9W6U8 , MEF2A_CHICK, T;
DR Q02078 , MEF2A_HUMAN, T; Q60929 , MEF2A_MOUSE, T;
DR A2ICN5 , MEF2A_PIG , T; Q5REW7 , MEF2A_PONAB, T;
DR Q2MJT0 , MEF2A_RAT , T; Q03414 , MEF2A_XENLA, T;
DR Q02080 , MEF2B_HUMAN, T; O55087 , MEF2B_MOUSE, T;
DR Q2KIA0 , MEF2C_BOVIN, T; Q06413 , MEF2C_HUMAN, T;
DR Q8CFN5 , MEF2C_MOUSE, T; A4UTP7 , MEF2C_PIG , T;
DR Q5R444 , MEF2C_PONAB, T; A0A096MJY4, MEF2C_RAT , T;
DR Q14814 , MEF2D_HUMAN, T; Q63943 , MEF2D_MOUSE, T;
DR O89038 , MEF2D_RAT , T; Q03413 , MEF2D_XENLA, T;
DR Q9U325 , MEF2_CAEEL , T; P40791 , MEF2_DROME , T;
DR G4MWZ7 , MIG1_PYRO7 , T; A9YDN6 , MIG1_PYROR , T;
DR O65874 , MTF1_PEA , T; O80805 , PHE1_ARATH , T;
DR Q7XJK8 , PHE2_ARATH , T; P48007 , PIST_ARATH , T;
DR P78926 , PMAP1_SCHPO, T; Q9HGP0 , PVG4_SCHPO , T;
DR Q12224 , RLM1_YEAST , T; B0XYE0 , RLMA_ASPFC , T;
DR Q4WX78 , RLMA_ASPFU , T; P29382 , SEP1_ARATH , T;
DR P29384 , SEP2_ARATH , T; O22456 , SEP3_ARATH , T;
DR P38128 , SMP1_YEAST , T; O64645 , SOC1_ARATH , T;
DR Q54TY7 , SRFA_DICDI , T; Q54RY6 , SRFB_DICDI , T;
DR Q55F37 , SRFC_DICDI , T; Q54QY7 , SRFD_DICDI , T;
DR Q18955 , SRF_CAEEL , T; Q90718 , SRF_CHICK , T;
DR Q24535 , SRF_DROME , T; P11831 , SRF_HUMAN , T;
DR Q9JM73 , SRF_MOUSE , T; P23790 , SRF_XENLA , T;
DR Q9FVC1 , SVP_ARATH , T; Q003J2 , TM6_VITVI , T;
DR Q8RYD9 , TT16_ARATH , T; I1GN76 , VRN1_BRADI , T;
3D 1C7U; 1EGW; 1HBX; 1K6O; 1MNM; 1N6J; 1SRS; 1TQE; 3KOV; 3MU6; 3P57; 5F28; 3D 6BYY; 6BZ1; 6C9L; 6WC2; 6WC5; 7NB0; 7X1N; PR PRU00251; DO PDOC00302; //