PROSITE entry PS50093

ID   PKD; MATRIX.
AC   PS50093;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Polycystic kidney disease (PKD) domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=85; TOPOLOGY=LINEAR;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=9; N2=80;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4193000; R2=0.0192000; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3174.5544434; R2=4.8423915; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=421; H_SCORE=5213; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=4710; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;
MA   /I: B1=0;
MA   /M: SY='P'; M=0,-7,-6,-4,-12,-3,0,-3,-7,-5,-3,-5,-4,-8,11,-3,-4,-10,-8,-7,-6,-2,-3;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-7,-5,-6,-12,-6,-5,-5,-8,-4,-7,-5,-5,-6,10,-4,-4,-2,-6,-4,-7,-6,-4;
MA   /M: SY='L'; M=0,-3,-3,-6,-7,-4,-4,-7,-4,0,1,-3,0,-1,-8,-2,0,-7,0,0,-4,-4,-2;
MA   /M: SY='A'; M=5,-6,-3,-6,-8,0,-3,-1,-5,-2,-4,-4,0,-8,0,0,-2,-9,-6,-2,-5,-2,-2;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-4,-8,-9,-8,-8,-8,-11,-5,2,0,-4,0,6,-5,-5,-2,-3,6,4,-9,-8,-4;
MA   /M: SY='I'; M=0,-8,-6,-11,-9,-5,-8,-8,-8,6,0,-7,2,-2,-7,-2,-1,-1,-1,4,-8,-7,-3;
MA   /M: SY='A'; M=3,-3,2,-2,-8,-2,-2,3,-1,-9,-8,-1,-5,-9,-5,2,0,-10,-6,-6,0,-2,-2;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,3,-2,-6,-3,-3,0,-5,-3,-7,-5,-4,-6,-6,6,1,-13,-7,-1,0,-3,-2;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-5,0,0,-10,-4,-1,-6,-5,-6,-8,-4,-6,-4,8,0,0,-11,-6,-5,0,-3,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-2,2,5,0,-7,0,-1,-4,-1,-7,-8,1,-5,-5,-6,4,4,-10,-1,-6,2,-1,-2;
MA   /M: SY='S'; M=1,0,1,0,-7,0,0,-2,-4,-9,-12,1,-7,-9,1,9,3,-13,-7,-6,-1,0,-1;
MA   /M: SY='G'; M=1,-3,-2,-5,-9,-6,-6,11,-7,-9,-7,-5,-5,-8,-7,0,-2,-9,-8,-4,-4,-6,-3;
MA   /M: SY='T'; M=2,-4,-1,-3,-7,-3,-3,-7,-7,-1,-3,-2,-2,-6,-4,1,5,-10,-4,0,-1,-3,-1;
MA   /M: SY='V'; M=3,-7,-6,-7,0,-6,-4,-7,-8,0,0,-6,-1,-4,-8,0,0,-12,-6,5,-6,-5,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-2,-2,3,0,-11,-1,1,1,-3,-10,-10,0,-7,-10,2,0,-1,-11,-8,-10,1,0,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-4,-1,-4,-2,-10,2,5,-10,-3,-1,2,0,0,-6,-5,-5,-4,-9,-3,-3,-3,3,-4;
MA   /M: SY='S'; M=-1,0,2,1,-7,1,5,-5,-3,-8,-9,3,-6,-8,-3,5,4,-12,-6,-6,2,3,-2;
MA   /M: SY='V'; M=0,-9,-9,-13,-1,-9,-11,-12,-11,10,3,-9,3,-1,-10,-4,-1,-11,-3,12,-10,-11,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-1,0,0,-3,-6,-2,-2,-7,-6,-3,-4,0,-2,-5,-6,2,8,-11,-4,0,0,-2,-2;
MA   /M: SY='F'; M=-8,-8,-9,-17,-8,-16,-12,-13,-8,1,6,-13,1,31,-13,-9,-4,2,11,0,-13,-12,-4;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-2,1,1,-8,-1,0,-5,-2,-7,-9,0,-6,-5,-6,6,5,-10,0,-5,0,-1,-1;
MA   /M: SY='D'; M=2,-6,0,4,-10,-3,-1,4,-5,-12,-11,-4,-9,-11,-6,2,-2,-6,-7,-8,2,-2,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-2,0,2,1,-9,3,7,-7,-2,-7,-8,1,-5,-10,-4,3,2,-13,-6,-6,2,5,-3;
MA   /M: SY='S'; M=0,-4,1,0,-13,4,4,2,-4,-13,-11,-3,-7,-15,-7,4,-2,-16,-11,-12,0,4,-4;
MA   /M: SY='T'; M=5,-4,1,-5,-8,-3,-3,-7,-5,-10,-11,-5,-8,-10,-7,13,16,-20,-8,-3,-1,-3,0;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-9,0,-4,-18,-11,-10,25,-10,-21,-16,-8,-11,-12,-12,-1,-8,-11,-10,-15,-4,-10,-6;
MA   /M: SY='D'; M=-5,-4,8,14,-14,-2,1,-1,-4,-18,-16,-3,-13,-13,-8,7,2,-22,-10,-12,11,0,-4;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-11,0,5,-25,-3,4,-11,-9,-18,-23,-4,-16,-23,36,0,-4,-26,-20,-22,0,-1,-7;
MA   /I: MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-10;
MA   /M: SY='V'; M=2,-11,-14,-18,-14,-12,-13,-19,-14,7,0,-8,3,-3,-17,-3,3,-17,0,14,-14,-13,-6;
MA   /M: SY='S'; M=9,-9,-4,-11,-12,-7,-8,-7,-9,-7,-8,-10,-6,-12,-14,10,6,-26,-12,0,-8,-8,-3;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-10,-22,-27,-29,-18,-22,-25,-6,-5,-3,-14,-5,28,-27,-20,-10,45,40,-9,-24,-20,-11;
MA   /M: SY='T'; M=-8,6,0,-2,-13,3,2,-18,-8,-16,-9,1,-7,-17,-14,0,4,-26,-11,-12,-1,2,-7;
MA   /M: SY='W'; M=-18,-19,-35,-37,-44,-20,-28,-20,-27,-14,-15,-20,-15,13,-27,-35,-26,125,26,-23,-36,-20,-17;
MA   /M: SY='D'; M=-6,-9,15,27,-19,-3,5,-8,-5,-23,-20,-5,-19,-24,-11,9,6,-34,-16,-17,23,1,-5;
MA   /M: SY='F'; M=-14,-18,-21,-35,-19,-28,-25,-29,-19,9,15,-26,8,46,-27,-19,-8,-3,16,7,-28,-24,-10;
MA   /M: SY='G'; M=1,-17,1,-7,-27,-15,-12,44,-17,-31,-26,-15,-18,-27,-12,2,-13,-23,-26,-23,-6,-14,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-13,-9,14,51,-28,1,17,-6,-2,-35,-27,-1,-25,-36,-10,1,-7,-36,-19,-27,37,9,-9;
MA   /I: MD=-21;
MA   /M: SY='g'; D=-4; M=0,-13,2,-5,-27,-13,-11,51,-15,-35,-28,-12,-18,-27,-17,1,-15,-21,-26,-27,-5,-12,-9;
MA   /I: MD=-21;
MA   /M: SY='s'; D=0; M=3,-8,2,-2,-15,1,4,-7,-9,-14,-16,-6,-12,-18,-11,16,10,-30,-16,-9,0,3,-3;
MA   /I: MD=-21;
MA   /M: SY='s'; D=0; M=5,-7,-2,-6,-17,-3,-5,-3,-11,-15,-17,-3,-11,-15,-12,9,4,-16,-8,-8,-4,-4,-4;
MA   /I: MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-5;
MA   /M: SY='s'; D=-4; M=4,-7,-2,-10,-14,-7,-7,-5,-13,-12,-10,-8,-9,-9,-14,12,8,-26,-11,-6,-8,-7,-3;
MA   /I: DM=-21;
MA   /M: SY='T'; M=-3,2,7,0,-21,0,0,-8,-8,-19,-21,-1,-14,-21,-3,8,6,-30,-17,-15,2,-1,-6;
MA   /M: SY='E'; M=-2,-5,4,5,-19,10,23,0,-4,-27,-21,0,-16,-28,-9,1,-9,-27,-21,-26,4,16,-9;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-8,-11,-9,-28,-2,0,-18,-6,-16,-19,-1,-10,-23,28,-4,-3,-26,-16,-16,-11,-3,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-2,-1,8,-4,-19,-4,-2,-14,-1,-13,-15,0,-9,-10,-16,2,3,-24,-6,-9,2,-3,-7;
MA   /M: SY='V'; M=5,-19,-20,-21,-19,-19,-15,-20,-23,2,-7,-15,-4,-8,11,-4,-1,-25,-15,9,-21,-18,-7;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-5,8,0,-16,-1,3,-14,-9,-13,-15,-2,-10,-16,-11,13,20,-31,-13,-8,5,0,-4;
MA   /M: SY='H'; M=-17,-1,4,-5,-27,4,-3,-21,76,-22,-15,-8,3,-13,-20,-11,-17,-27,16,-21,-4,-3,-10;
MA   /M: SY='T'; M=1,-7,-3,-13,-15,-7,-10,-18,-16,-1,-9,-7,-5,-12,-15,9,16,-28,-11,4,-7,-9,-4;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-11,-20,-23,-28,-14,-21,-30,13,0,1,-13,0,37,-30,-20,-10,26,72,-8,-21,-21,-10;
MA   /M: SY='L'; M=1,-9,-4,-9,-19,-6,-7,-11,-13,-8,-6,-10,-5,-15,-6,0,1,-27,-14,-5,-6,-7,-6;
MA   /M: SY='S'; M=1,6,0,0,-19,0,1,-13,-10,-19,-15,4,-11,-19,-12,6,5,-27,-13,-11,0,0,-5;
MA   /M: SY='P'; M=9,-10,-8,-10,-23,-6,-2,-12,-16,-15,-19,-4,-13,-22,23,2,0,-27,-21,-12,-9,-6,-5;
MA   /M: SY='G'; M=2,-18,0,-9,-28,-14,-17,60,-18,-37,-28,-17,-18,-30,-18,0,-18,-20,-28,-28,-9,-15,-9;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-5,2,3,-18,-2,6,-16,-10,-15,-14,-4,-13,-18,-6,9,14,-31,-15,-10,4,1,-5;
MA   /M: SY='Y'; M=-18,-13,-18,-24,-17,-18,-22,-29,9,-2,0,-16,0,35,-30,-18,-10,14,54,-5,-21,-22,-10;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-3,-3,-8,-18,-4,-3,-18,-4,-12,-8,-6,-6,-13,-9,6,17,-28,-8,-8,-5,-4,-4;
MA   /M: SY='V'; M=0,-20,-26,-29,-13,-24,-25,-28,-26,27,17,-21,11,1,-26,-13,-3,-25,-7,35,-27,-25,-9;
MA   /M: SY='T'; M=0,4,3,-5,-15,3,-1,-14,-10,-16,-17,2,-10,-17,-11,13,21,-27,-12,-9,0,0,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-18,-27,-28,-16,-20,-21,-26,-20,20,33,-24,17,5,-27,-21,-6,-21,-3,19,-27,-20,-9;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-5,1,-7,-15,-8,-7,-12,-14,-8,-9,-6,-7,-12,-14,7,18,-28,-12,-1,-2,-8,-4;
MA   /M: SY='A'; M=19,-19,-20,-24,-11,-18,-18,-16,-23,10,6,-16,2,-7,-20,-3,-1,-23,-12,21,-20,-18,-5;
MA   /M: SY='S'; M=8,-9,4,-5,-10,-4,-5,-2,-11,-13,-16,-8,-10,-14,-10,20,18,-28,-14,-6,0,-5,-1;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-4,33,24,-18,0,3,-3,2,-20,-22,-2,-17,-20,-14,7,0,-34,-16,-22,29,1,-7;
MA   /M: SY='S'; M=3,-6,6,-1,-18,-4,-3,-4,-2,-16,-16,-6,-12,-17,-1,6,1,-26,-14,-14,1,-4,-5;
MA   /M: SY='V'; M=8,-13,-10,-16,-13,-13,-11,-11,-17,2,-2,-10,-1,-6,-17,-2,-2,-20,-10,9,-12,-12,-6;
MA   /M: SY='G'; M=1,-12,5,-3,-20,-9,-7,35,-12,-28,-25,-12,-17,-23,-13,10,-5,-24,-22,-21,-2,-8,-6;
MA   /M: SY='S'; M=0,-5,3,-5,-18,-2,-3,0,-2,-17,-16,-7,-11,-11,-14,5,-2,-14,-9,-15,-2,-3,-6;
MA   /I: MI=-28; MD=-10; IM=-28; I=-8;
MA   /M: SY='t'; D=15; M=0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,-1,0,0,0,0,0;
MA   /I: DM=-10;
MA   /M: SY='a'; D=-5; M=10,-9,-2,-14,-13,-10,-11,-10,-12,0,-2,-9,-1,-5,-15,0,-1,-19,-9,2,-7,-10,-4;
MA   /I: DM=-10;
MA   /M: SY='T'; M=4,-8,6,-5,-11,-6,-6,-10,-6,-9,-11,-8,-8,-11,-12,12,17,-27,-10,-4,1,-6,-2;
MA   /M: SY='A'; M=11,-7,-6,-10,-13,-5,-7,-11,-10,-4,-2,-7,-3,-10,-14,0,0,-17,-7,0,-6,-7,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-5,3,-4,-14,3,0,-9,-8,-12,-13,-5,-8,-12,-10,11,14,-22,-9,-10,0,1,-3;
MA   /M: SY='K'; M=2,-4,-7,-11,-15,-6,-7,-15,-5,-6,-6,0,-3,-7,-14,0,3,-14,1,0,-8,-7,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-4,9,6,-16,-1,2,-11,-1,-15,-14,-2,-11,-16,-5,6,10,-27,-10,-13,8,0,-4;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-11,-8,-15,-13,-16,-17,-16,-17,11,1,-11,2,-5,-20,-5,0,-24,-9,19,-12,-17,-7;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-6,-6,-7,-10,-4,-5,-17,-7,-6,-6,-7,-5,-7,-14,0,5,-17,0,-3,-6,-5,-5;
MA   /M: SY='V'; M=0,-14,-20,-21,-12,-18,-17,-23,-22,19,4,-12,5,-3,-20,-7,-1,-23,-8,29,-20,-18,-7;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-2,-5,-6,-18,4,6,-18,-8,-7,-7,-3,-4,-6,-11,0,1,-18,-5,-5,-6,5,-6;
MA   /M: SY='V'; M=3,-6,-13,-12,-14,-9,-3,-17,-15,1,-4,-4,-2,-11,-10,-3,-3,-22,-12,11,-13,-6,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-10,-7,-4,-19,-3,3,-14,-10,-8,-4,-8,-4,-13,4,0,2,-23,-12,-9,-5,0,-5;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-13,-5,-8,-17,-11,-8,-7,-14,-2,-1,-12,-3,-10,-11,-4,-2,-22,-12,0,-6,-10,-7;
MA   /M: SY='G'; M=0,-3,-6,-11,-11,-10,-10,4,-14,-14,-13,-6,-8,-15,-11,0,-4,-22,-15,-6,-10,-11,-6;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-6,0,-6,-18,-6,-5,1,-9,-11,-11,-7,-5,-14,-3,1,0,-22,-14,-10,-4,-6,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-5,-6,-7,-15,-5,-5,-13,-11,-2,2,-8,0,-8,-16,-4,1,-21,-8,0,-7,-5,-6;
MA   /I: E1=0;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=70(40); /POSITIVE=70(40); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=4; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=A?EP?; /MAX-REPEAT=12;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=PKD;
CC   /VERSION=6;
DR   P15636   , API_ACHLY  , T; Q81BJ6    , COLA_BACCR , T; 
DR   P43153   , COLA_CLOPE , T; P43154    , COLA_VIBAL , T; 
DR   Q9X721   , COLG_HATHI , T; Q46085    , COLH_HATHI , T; 
DR   B9J3S4   , COLQ1_BACCQ, T; Q14956    , GPNMB_HUMAN, T; 
DR   Q99P91   , GPNMB_MOUSE, T; Q6P7C7    , GPNMB_RAT  , T; 
DR   Q5VV43   , K0319_HUMAN, T; Q5SZV5    , K0319_MOUSE, T; 
DR   Q8IZA0   , K319L_HUMAN, T; Q8K135    , K319L_MOUSE, T; 
DR   Q5RFR6   , K319L_PONAB, T; Q86VZ4    , LRP11_HUMAN, T; 
DR   Q8TDX9   , PK1L1_HUMAN, T; Q8R526    , PK1L1_MOUSE, T; 
DR   E7FKV8   , PK1L1_ORYLA, T; B8UU59    , PK1L_ACRMI , T; 
DR   P98161   , PKD1_HUMAN , T; O08852    , PKD1_MOUSE , T; 
DR   Q06154   , PMEL_BOVIN , T; Q98917    , PMEL_CHICK , T; 
DR   P40967   , PMEL_HUMAN , T; Q60696    , PMEL_MOUSE , T; 
DR   Q9KMU6   , PRTV_VIBCH , T; C3LUP3    , PRTV_VIBCM , T; 
DR   Q90372   , QNR71_COTJA, T; Q8WY21    , SORC1_HUMAN, T; 
DR   Q9JLC4   , SORC1_MOUSE, T; Q96PQ0    , SORC2_HUMAN, T; 
DR   Q9EPR5   , SORC2_MOUSE, T; Q9UPU3    , SORC3_HUMAN, T; 
DR   Q8VI51   , SORC3_MOUSE, T; Q8N3G9    , TM130_HUMAN, T; 
DR   Q6NXM3   , TM130_MOUSE, T; Q5R6F5    , TM130_PONAB, T; 
DR   Q60106   , XANP_XANS2 , T; Q58863    , Y1468_METJA, T; 
DR   E8MGH9   , HYBA2_BIFL2, N; P0CI71    , K0319_RAT  , N; 
DR   Q8CB67   , LRP11_MOUSE, N; Q7TN88    , PK1L2_MOUSE, N; 
3D   1B4R; 1WGO; 2Y3U; 2Y50; 2Y6I; 2Y72; 2YRL; 4AQO; 4JGU; 4JRW; 4L9D; 4TN9; 
3D   4U6T; 4U7K; 6FFY; 6FG9; 6IHB; 6JCQ; 6NZ0; 7KPN; 7TI5; 7WJX; 7WQP; 
PR   PRU00151; 
DO   PDOC50093;
//