PROSITE entry PS50138

ID   BRCA2_REPEAT; MATRIX.
AC   PS50138;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   BRCA2 repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=35;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=32;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7467999; R2=0.0176268; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1499.0524902; R2=1.7651933; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=384; H_SCORE=2177; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=270; H_SCORE=1976; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='N'; M=-10,4,-21,-8,-10,6,-15,-8,-8,-6,-14,-9,16,-20,-11,-6,0,-3,-11,-23,-4,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-1,5,-25,10,36,-26,-15,9,-26,3,-20,-16,1,-5,13,-4,5,-6,-24,-30,-15,24;
MA   /M: SY='S'; M=-1,0,-16,-5,-9,-15,-13,-13,-6,-10,-18,-11,8,-5,-10,-11,11,10,-1,-35,-18,-10;
MA   /M: SY='S'; M=6,-8,-16,-13,-13,-8,9,-18,-19,-15,-18,-14,-1,-15,-14,-15,14,11,-10,-24,-14,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-5,-13,-6,-14,-15,4,-10,-19,-15,-20,-6,-10,-13,-10,-21,-20,-10,-10,-11,-20,-9,-18;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-14,-24,-14,-11,-15,3,-16,-15,-13,-6,-8,-9,-6,-11,-6,-3,-1,-13,-25,-16,-13;
MA   /M: SY='G'; M=10,-14,-21,-19,-18,-9,18,-20,-14,-19,-14,-10,-6,-18,-18,-20,3,-8,-9,-19,-15,-18;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30,80,-30,-20,0,-30,10,0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,0,10,30,-30;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-8,-25,-8,-3,-10,-18,16,-19,3,-18,-8,-1,-19,9,14,1,-4,-18,-14,14,0;
MA   /M: SY='T'; M=0,-4,-13,-13,-11,-10,-20,-20,-4,-13,-9,-8,-1,-11,-10,-13,18,39,3,-30,-10,-11;
MA   /M: SY='A'; M=45,-9,-10,-18,-9,-20,0,-19,-11,-10,-13,-11,-8,-10,-9,-19,14,3,-1,-23,-20,-9;
MA   /M: SY='S'; M=4,-3,4,-4,-4,-20,-6,1,-23,-13,-28,-18,6,-15,-3,-11,28,11,-13,-40,-16,-4;
MA   /M: SY='G'; M=0,-3,-26,-5,-15,-28,53,-15,-35,-16,-30,-20,9,-19,-15,-16,6,-13,-28,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-1,-28,-3,6,-26,-20,-10,-28,40,-26,-10,0,-11,8,30,-6,-3,-18,-21,-10,6;
MA   /M: SY='K'; M=-8,3,-26,0,10,-25,-18,-6,-16,16,-21,-9,6,-11,11,8,0,-5,-16,-26,-13,10;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-24,-19,-28,-23,-3,-30,-24,21,-16,11,9,-20,-24,-19,-10,-11,1,25,-25,-6,-23;
MA   /M: SY='S'; M=-3,1,-20,-1,3,-21,-11,-6,-18,6,-19,-10,8,-14,8,3,10,3,-15,-30,-14,5;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-29,0,-33,-29,-1,-33,-29,26,-25,14,10,-26,-29,-26,-24,-15,-5,33,-29,-9,-29;
MA   /M: SY='S'; M=18,-6,-11,-9,-5,-16,-4,-14,-13,-13,-15,-13,0,-13,-5,-14,24,11,-5,-33,-18,-5;
MA   /M: SY='E'; M=-11,9,-28,13,21,-29,-19,9,-28,14,-23,-13,4,-9,15,6,-1,-4,-24,-28,-10,18;
MA   /M: SY='E'; M=0,4,-23,6,28,-24,-15,6,-24,0,-19,-15,1,-6,9,-5,8,1,-20,-30,-14,18;
MA   /M: SY='S'; M=9,0,-13,-5,-5,-15,-6,-11,-13,-11,-15,-13,8,-14,-5,-11,21,15,-8,-34,-16,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-30,-23,-34,-24,16,-33,-23,25,-30,38,18,-26,-28,-23,-23,-26,-10,14,-16,4,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-13,8,-28,8,8,-26,-18,11,-21,10,-16,-6,8,-15,16,6,-6,-10,-23,-26,-8,11;
MA   /M: SY='K'; M=-10,6,-29,5,15,-29,-18,-6,-29,39,-29,-13,8,-10,10,23,-6,-9,-23,-24,-13,13;
MA   /M: SY='V'; M=19,-19,-13,-24,-19,-10,-16,-24,11,-16,-1,0,-16,-19,-18,-20,3,1,21,-26,-14,-19;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-9,-25,-9,-1,-21,-23,-14,-15,30,-19,-5,-8,-16,0,23,-10,-8,-3,-23,-10,-1;
MA   /M: SY='N'; M=-10,13,-26,9,3,-26,-3,-1,-23,10,-23,-6,15,-15,8,4,-3,-9,-23,-28,-15,5;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-31,-23,-35,-28,24,-30,-25,16,-26,18,8,-28,-29,-28,-21,-23,-10,15,6,9,-26;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,63,-30,-20,5,-30,20,5,-23,-30,-35,-20,-23,-10,3,3,23,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-8,13,-23,18,13,-26,-13,-6,-28,8,-25,-19,8,-10,4,6,10,5,-19,-33,-16,8;
MA   /M: SY='E'; M=-14,24,-30,36,40,-35,-16,1,-33,6,-24,-21,8,-5,18,-3,0,-10,-30,-33,-19,29;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-17,-26,-23,-14,0,-27,-20,10,-4,-3,3,-10,-17,-11,-9,-9,-6,6,-19,-1,-14;
MA   /M: SY='E'; M=-13,6,-30,14,33,-16,-20,-6,-26,0,-19,-19,-3,7,4,-7,-4,-10,-26,-26,-14,19;
MA   /M: SY='E'; M=-9,11,-24,14,20,-24,-14,-1,-20,-1,-14,-13,9,-11,11,-4,3,-4,-21,-31,-16,16;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=35(9); /POSITIVE=35(9); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=8;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=BRCA2;
CC   /VERSION=5;
DR   Q7Y1C5   , BRC2A_ARATH, T; Q7Y1C4    , BRC2B_ARATH, T; 
DR   Q9W157   , BRCA2_DROME, T; B4IH30    , BRCA2_DROSE, T; 
DR   B4QC10   , BRCA2_DROSI, T; Q864S8    , BRCA2_FELCA, T; 
DR   P51587   , BRCA2_HUMAN, T; P97929    , BRCA2_MOUSE, T; 
DR   O35923   , BRCA2_RAT  , T; 
3D   1N0W; 6HQU; 8BR9; 8C3J; 8C3N; 
PR   PRU00032; 
DO   PDOC50138;
//