PROSITE logo

PROSITE entry PS50532

View entry in NiceSite format
View entry in raw text format (no links)
ID   HTH_IS408; MATRIX.
AC   PS50532;
DT   01-DEC-2006 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   IS408 transposase-type HTH domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8162000; R2=0.0134811; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6911.0000000; R2=0.0000000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1127; H_SCORE=6911; N_SCORE=17.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=756; H_SCORE=6911; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-23,-36,-28,2,-36,-28,40,-27,22,17,-24,-24,-23,-26,-19,-7,32,-23,-3,-28;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-5,-30,-5,5,-25,-20,-5,-30,40,-25,-10,0,-15,10,50,-10,-10,-20,-20,-10,5;
MA   /M: SY='E'; M=-9,9,-27,16,51,-27,-20,-3,-27,7,-19,-19,0,-1,16,-1,3,-2,-26,-30,-19,33;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-28,11,-34,-30,-4,-34,-30,24,-26,7,7,-24,-28,-26,-26,-14,-6,29,-31,-11,-30;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-19,-9,-30,-9,1,-21,-20,-1,-30,33,-21,-10,0,-19,10,65,-10,-10,-20,-20,-10,1;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-20,13,-30,-15,17,-27,43,17,-29,-30,-19,-19,-29,-10,7,-13,11,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-3,-27,-4,5,-25,-20,-9,-27,37,-25,-10,0,-13,7,35,-6,-2,-17,-21,-10,5;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-24,-27,-29,-21,35,-26,9,-8,-23,3,0,-17,-27,-22,-15,-22,-16,-11,17,24,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-5,12,-26,19,29,-18,-16,-5,-26,0,-17,-19,1,-8,3,-8,-1,-8,-22,-26,-14,17;
MA   /M: SY='C'; M=-1,-10,15,-12,-2,-25,-11,-14,-19,-10,-16,-10,-10,-20,3,-12,-3,-9,-11,-31,-20,0;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='S'; M=5,-4,-16,-4,-4,-21,4,-14,-21,-11,-27,-18,4,1,-5,-13,26,16,-14,-35,-21,-5;
MA   /M: SY='H'; M=-13,-1,-24,-2,0,-16,-20,44,-14,-9,-14,-2,5,-20,0,-5,-6,-11,-10,-31,3,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-4,-30,-2,15,-24,-20,-1,-30,28,-21,-12,0,-14,12,49,-8,-10,-22,-22,-12,10;
MA   /M: SY='K'; M=0,-4,-25,-5,9,-25,-17,-9,-15,13,-18,-7,-2,-10,11,4,1,-5,-13,-24,-13,10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='A'; M=44,-8,-10,-17,-8,-20,0,-18,-12,-10,-13,-12,-7,-10,-8,-18,15,3,-2,-23,-20,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-9,-27,-7,5,-20,-21,-5,-22,23,-17,-9,-4,-17,6,44,-9,-9,-12,-23,-11,3;
MA   /M: SY='A'; M=14,-6,-18,-10,-1,-23,-8,-9,-19,3,-19,-11,-1,-13,7,10,11,1,-11,-25,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-19,-32,-24,6,-32,-24,27,-27,35,17,-28,-28,-23,-22,-23,-7,23,-23,-3,-24;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-6,-30,-6,-7,-32,38,-12,-34,-4,-28,-14,0,-16,2,-7,-1,-16,-29,-20,-23,-3;
MA   /M: SY='I'; M=0,-27,-20,-33,-25,0,-30,-26,30,-25,20,14,-23,-23,-21,-24,-16,-6,27,-22,-5,-25;
MA   /M: SY='G'; M=12,-5,-17,-6,-9,-24,26,-15,-26,-14,-27,-19,4,-14,-9,-15,21,2,-16,-30,-24,-9;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-1,-27,-1,7,-23,-19,2,-18,13,-22,-10,1,-1,1,5,-6,-8,-14,-28,-12,3;
MA   /M: SY='G'; M=4,-5,-20,-6,-11,-24,32,-16,-29,-15,-27,-19,4,-15,-11,-15,18,4,-19,-29,-24,-11;
MA   /M: SY='S'; M=11,-12,-10,-15,-13,-12,-13,-20,0,-13,-11,-7,-8,-17,-13,-15,16,14,13,-32,-15,-13;
MA   /M: SY='V'; M=6,-28,-10,-29,-28,-2,-27,-29,25,-19,8,8,-28,-28,-28,-20,-8,0,44,-29,-11,-28;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-4,-20,-4,-2,-21,1,5,-26,-1,-26,-15,6,-15,1,11,16,3,-17,-31,-14,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-9,13,-25,18,15,-29,-15,-8,-29,17,-26,-17,6,-9,5,6,4,1,-20,-30,-15,10;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-16,-23,-20,-19,27,-27,4,-3,-13,-1,-3,-15,-25,-15,-12,-10,6,-6,11,49,-19;
MA   /M: SY='L'; M=0,-27,-18,-30,-21,3,-27,-22,20,-26,33,14,-26,-26,-20,-21,-21,-7,15,-21,-4,-21;
MA   /M: SY='A'; M=8,-10,-1,-15,-9,-16,-15,-16,-15,-2,-10,-8,-8,-17,-7,0,2,3,-6,-27,-15,-9;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-8,-26,-11,1,-23,-16,-3,-24,18,-18,-8,-2,-16,13,41,-4,-8,-17,-20,-12,4;
MA   /M: SY='A'; M=29,-14,-12,-21,-12,-5,-7,-19,-6,-15,-3,-6,-11,-15,-13,-19,5,0,0,-19,-12,-12;
MA   /M: SY='R'; M=10,-7,-20,-11,-4,-20,-10,4,-21,4,-18,-10,-1,-15,1,16,5,-3,-12,-24,-11,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-7,-23,-7,10,-21,-19,-9,-8,-1,-12,-6,-6,-12,8,1,1,-4,-7,-26,-14,8;
MA   /M: SY='A'; M=32,-5,-13,-11,0,-20,-5,-16,-14,-7,-14,-12,-5,-9,-5,-15,13,7,-5,-25,-19,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-7,-30,-6,-9,-30,58,-17,-39,-16,-29,-20,0,-17,-15,-17,0,-19,-30,-21,-29,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,9,-29,-18,20,-28,46,25,-29,-29,-18,-19,-29,-10,10,-20,0,-19;
MA   /M: SY='S'; M=-2,14,-17,18,10,-24,-10,-9,-24,-5,-24,-20,9,-9,0,-9,20,16,-15,-36,-18,5;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='P'; M=-1,-18,-35,-12,-2,-28,-17,-20,-18,-10,-27,-18,-18,75,-10,-20,-7,-8,-25,-28,-28,-10;
MA   /M: SY='L'; M=12,-21,0,-26,-17,-5,-19,-21,3,-23,20,4,-21,-24,-17,-21,-13,-6,4,-23,-11,-17;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='P'; M=2,-17,-25,-15,-9,-16,-5,-18,-10,-15,-6,-7,-16,23,-12,-18,-9,-9,-13,-21,-18,-12; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='D'; M=-3,7,-22,13,13,-21,-16,-9,-10,-4,-11,-11,-2,-10,-2,-11,-2,-7,-7,-27,-14,5; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='A'; M=11,-2,-18,-3,-10,-22,10,-17,-18,-12,-18,-14,-2,-15,-12,-16,9,2,-7,-27,-20,-11;
MA   /M: SY='M'; M=-1,-24,-19,-30,-21,0,-24,-15,21,-19,22,30,-22,-22,-13,-18,-17,-7,17,-21,-4,-18;
MA   /M: SY='D'; M=-2,18,-17,24,6,-26,-6,-8,-26,-6,-28,-22,12,-10,-1,-10,23,13,-16,-39,-19,2;
MA   /M: SY='D'; M=-16,36,-30,52,34,-36,-14,0,-36,4,-26,-26,13,-6,7,-6,0,-10,-30,-36,-20,21;
MA   /M: SY='D'; M=8,7,-21,10,6,-24,-11,-11,-19,-1,-16,-14,-1,-12,-3,-3,1,-5,-9,-28,-18,1;
MA   /M: SY='E'; M=11,2,-20,5,19,-24,-13,-11,-16,-2,-14,-14,-5,-9,0,-11,2,-5,-9,-28,-19,9;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-26,-16,5,-29,-19,13,-20,40,16,-26,-27,-16,-13,-27,-10,6,-20,-1,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='E'; M=12,3,-23,5,34,-26,-13,-7,-23,3,-16,-16,-4,-4,9,-7,4,-6,-19,-26,-20,21;
MA   /M: SY='R'; M=8,-10,-22,-14,-1,-21,-14,-7,-14,4,-8,-4,-7,-15,11,13,-3,-6,-12,-20,-12,4;
MA   /M: SY='A'; M=9,-14,-20,-18,-7,-14,-16,-11,-8,-3,2,-1,-12,-18,1,7,-7,-6,-6,-20,-11,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-27,-22,-27,-17,5,-28,-17,12,-21,39,15,-25,-28,-15,-6,-27,-10,5,-20,-2,-17;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-26,-26,-29,-22,42,-28,-10,-1,-22,6,-1,-21,-12,-25,-17,-20,-10,-6,6,30,-23;
MA   /M: SY='P'; M=8,-12,-28,-11,-6,-27,8,-19,-24,-5,-25,-16,-10,23,-10,-13,-2,-10,-21,-24,-25,-10;
MA   /M: SY='A'; M=15,-10,-19,-14,-6,-20,-12,-17,-15,-5,-16,-12,-8,11,-7,-6,5,9,-9,-25,-18,-9;
MA   /M: SY='A'; M=22,-10,-17,-15,-8,-20,-10,-20,-12,-10,-15,-12,-10,15,-10,-17,8,10,-7,-25,-20,-10;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-5,0,-23,-3,-8,-22,23,-7,-28,-2,-24,-15,10,-17,-5,8,3,-8,-22,-23,-19,-8; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='P'; M=1,-11,-22,-13,-6,-19,-18,-17,-13,2,-16,-10,-10,10,-7,1,0,7,-6,-26,-16,-9;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='A'; M=13,-1,-17,-7,-1,-20,-8,-9,-17,13,-17,-10,2,-11,0,8,1,-4,-11,-19,-14,-1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='A'; M=13,-6,-13,-10,-4,-17,-11,-13,-9,-1,-12,-6,-5,-11,1,-6,8,7,-1,-22,-13,-2; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='P'; M=2,-8,-25,-10,-7,-25,6,-16,-21,-10,-21,-14,-6,11,-4,-14,4,5,-18,-25,-21,-7;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-6,-24,-6,-2,-20,-15,5,-23,4,-22,-12,1,-2,2,18,6,5,-17,-29,-11,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-7,-28,-7,1,-23,0,-10,-28,6,-22,-15,-2,-3,-1,19,-2,-3,-22,-24,-18,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-14,6,-30,11,21,-30,-19,-1,-30,24,-24,-14,3,-11,17,27,-5,-10,-25,-25,-14,17;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-10,-26,-10,0,-19,-19,-3,-21,14,-12,-6,-3,-19,11,40,-5,-6,-16,-23,-10,2;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-19,-24,-16,-11,-16,-20,-21,2,-15,-14,-7,-14,21,-13,-19,1,0,2,-31,-18,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-8,-24,-3,22,-13,-25,-10,-6,-7,7,-3,-14,-14,0,-9,-11,-9,-7,-27,-12,11;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='W'; M=-17,-35,-39,-35,-27,12,-24,-21,-7,-20,-6,-9,-35,-30,-20,-18,-33,-22,-14,93,30,-21;
MA   /M: SY='A'; M=19,-10,-13,-17,-11,-13,-11,-19,-2,-14,-5,-6,-7,-13,-10,-17,11,10,2,-26,-14,-11;
MA   /M: SY='A'; M=8,-14,-21,-18,-10,-8,-15,-11,-8,-11,-5,-6,-13,-17,-2,-13,-2,1,-8,2,3,-6;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-18,-33,-28,2,-33,-28,35,-25,19,15,-27,-27,-25,-23,-16,-5,37,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='H'; M=-8,1,-25,2,-3,-20,-18,56,-21,-10,-16,-4,3,-19,1,-6,-6,-14,-16,-30,6,-4;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-9,-28,-10,0,-21,-18,-4,-28,28,-20,-10,-1,-18,8,55,-8,-9,-18,-20,-11,0;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=4(4); /POSITIVE=4(4); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=S_Spirin;
CC   /TAXO-RANGE=???P?; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH IS408-type;
CC   /VERSION=5;
DR   Q51649   , T408_BURM1 , T; Q51761    , TRA2_PSEFL , T; 
DR P55379 , Y4BL_SINFN , T; Q53201 , Y4UI_SINFN , T;
PR PRU00616; DO PDOC50531; //