PROSITE logo

PROSITE entry PS50961

View entry in NiceSite format
View entry in raw text format (no links)
ID   HTH_LA; MATRIX.
AC   PS50961;
DT   01-MAR-2004 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   La-type HTH domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=86;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8120127; R2=0.0159223; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5747.9912109; R2=6.5552325; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=389; H_SCORE=8298; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=232; H_SCORE=7269; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-1,-22,-2,-2,-17,-12,-5,-13,-4,-16,-8,2,-8,-3,-4,4,2,-10,-28,-11,-4;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-10,-28,-8,0,-16,-16,-13,-11,-4,-13,-8,-8,9,-2,-9,-6,-8,-14,-24,-14,-2;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-6,-24,-4,0,-11,-16,-12,-15,-8,-12,-11,-7,2,-6,-8,0,-1,-13,-25,-11,-4;
MA   /M: M=-8,-8,-23,-7,-4,-12,-20,-9,-6,-7,-9,-4,-7,-6,-3,-8,-3,-3,-5,-25,-8,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-6,8,-19,13,9,-22,-12,-9,-23,-4,-17,-16,2,-10,0,-7,5,1,-17,-31,-16,4;
MA   /M: SY='E'; M=-10,8,-27,13,17,-23,-18,-3,-20,2,-15,-12,1,-6,3,-3,-5,-9,-18,-28,-14,9;
MA   /M: SY='L'; M=0,-11,-18,-12,-8,-9,-19,-14,1,-14,8,2,-11,-19,-7,-13,-4,0,1,-26,-10,-7;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-9,-29,-9,2,-15,-22,-11,-10,2,-10,-6,-9,-7,1,2,-10,-10,-11,-13,-7,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,4,-25,2,5,-23,-15,1,-15,-1,-14,-8,5,-7,7,-4,-2,-6,-16,-28,-13,5;
MA   /M: SY='K'; M=-9,0,-26,-1,3,-18,-19,-9,-16,12,-17,-8,1,-10,0,8,-5,-5,-13,-24,-9,1;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-27,-22,-34,-25,-1,-35,-26,35,-27,21,16,-21,-23,-17,-25,-18,-8,23,-22,-3,-24;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-14,-15,-18,-12,-9,-19,-15,-2,-5,0,0,-10,-22,-8,-1,-10,-6,1,-23,-9,-11;
MA   /M: SY='K'; M=-6,6,-23,1,4,-22,-11,-3,-22,13,-23,-11,12,-13,3,12,4,2,-18,-28,-14,3;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,4,-28,2,16,-37,-17,8,-21,9,-21,-3,4,-11,48,10,1,-9,-28,-22,-11,32;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-27,-18,-30,-26,2,-30,-23,28,-22,16,13,-24,-26,-22,-21,-14,-4,29,-21,0,-25;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-29,18,52,-30,-20,-1,-29,11,-20,-19,1,-2,20,1,0,-8,-28,-29,-19,36;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-20,-26,-25,-21,42,-28,2,-1,-17,2,-1,-15,-24,-21,-14,-18,-9,-8,14,47,-22;
MA   /M: SY='Y'; M=-18,-16,-30,-16,-13,21,-28,12,-2,-10,-2,-2,-17,-26,-7,-10,-18,-11,-11,21,59,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-28,-21,-36,-27,66,-29,-17,-1,-27,8,-1,-20,-24,-35,-19,-19,-10,-2,8,28,-27;
MA   /M: SY='S'; M=6,-5,-15,-6,-6,-19,5,-14,-15,-14,-24,-15,5,-13,-5,-14,27,12,-8,-35,-19,-6;
MA   /M: SY='D'; M=-15,30,-27,42,15,-31,-14,1,-29,-1,-22,-21,12,-12,0,-5,-1,-7,-22,-35,-16,7;
MA   /M: SY='E'; M=0,0,-21,-1,9,-15,-15,-6,-10,-6,-9,-4,-2,-12,-1,-10,2,-3,-9,-27,-12,4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,29,-21,13,-2,-15,-4,6,-20,0,-27,-18,47,-16,-2,3,7,-1,-27,-36,-17,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-32,-22,13,-31,-21,22,-30,43,18,-28,-29,-22,-21,-28,-10,12,-18,2,-22;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-7,-6,-7,-2,-20,-17,-11,-19,-9,-20,-15,-7,12,-6,-13,2,2,-16,-30,-16,-6;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-1,-21,-6,-4,-16,-18,1,-17,8,-17,-8,4,-16,-1,14,2,8,-10,-26,-6,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-18,47,-28,62,17,-37,-9,0,-37,0,-29,-28,24,-11,0,-9,2,-7,-29,-40,-20,8;
MA   /M: SY='K'; M=-8,1,-25,-2,3,-18,-16,-1,-17,10,-18,-7,4,-14,1,7,-2,-2,-14,-25,-9,1;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-25,-23,-31,-24,57,-28,-6,-4,-24,3,-2,-17,-22,-29,-17,-17,-9,-5,7,32,-24;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-20,-29,-20,8,-29,-20,19,-28,44,20,-27,-28,-19,-19,-26,-6,10,-21,-1,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-11,-29,-12,-4,-17,-15,-6,-21,17,-15,-6,-4,-19,4,36,-11,-10,-17,-11,-8,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-8,2,-21,2,7,-25,-5,-6,-28,11,-25,-16,7,-14,4,15,4,-3,-21,-28,-17,4;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-5,-26,-6,5,-14,-22,15,-17,1,-10,-3,-3,-15,12,1,-6,-5,-18,-20,2,8;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-24,-19,-31,-23,8,-26,-15,21,-19,17,29,-21,-23,-15,-17,-16,-5,18,-20,0,-19;
MA   /M: SY='D'; M=-11,16,-22,20,14,-27,-10,-4,-28,4,-21,-17,9,-13,3,1,-1,-7,-23,-31,-17,8;
MA   /M: SY='K'; M=-5,6,-26,8,12,-28,-9,-7,-27,17,-23,-14,3,-11,6,9,-2,-8,-21,-26,-15,9;
MA   /I: I=-9; MD=-19;
MA   /M: SY='B'; M=0,11,-12,11,5,-15,-4,-3,-13,-2,-14,-11,10,-7,-1,-5,7,0,-10,-21,-12,2; D=-9;
MA   /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
MA   /M: SY='D'; M=-12,22,-20,32,26,-32,-14,2,-32,2,-25,-22,10,-9,9,-5,3,-7,-27,-35,-18,18;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-9,-29,-9,-15,-28,48,-17,-32,-14,-27,-16,-1,-16,-13,-15,-1,-17,-24,-22,-26,-14;
MA   /M: SY='W'; M=-17,-27,-34,-28,-21,20,-24,-12,-10,-16,-8,-9,-25,-16,-18,-13,-22,-15,-16,51,30,-19;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-29,-13,-31,-29,0,-30,-29,30,-22,14,11,-28,-28,-28,-21,-12,-2,43,-28,-8,-29;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-13,-34,-6,2,-25,-17,-12,-21,-10,-28,-19,-12,61,-7,-17,-2,-6,-26,-31,-24,-6;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-29,-23,-33,-25,4,-33,-24,32,-28,32,20,-25,-25,-20,-23,-23,-8,21,-21,-1,-24;
MA   /M: SY='S'; M=-1,3,-21,5,10,-23,-11,-3,-23,3,-24,-16,5,-6,4,1,13,4,-18,-30,-14,6;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-20,-7,-25,-21,1,-28,-22,11,-19,11,4,-19,-24,-20,-17,-8,8,17,-25,-4,-21;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-29,-23,-35,-27,5,-34,-25,36,-27,25,21,-24,-24,-21,-24,-21,-8,26,-21,-1,-26;
MA   /M: SY='A'; M=23,-14,-1,-20,-14,-14,-8,-21,-6,-16,-4,-6,-12,-17,-14,-20,5,1,2,-26,-17,-14;
MA   /M: SY='S'; M=1,1,-18,-2,-3,-21,0,-11,-21,0,-24,-13,6,-12,-3,-3,17,11,-13,-31,-17,-3;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29,77,-30,-20,0,-29,9,0,-19,-29,-39,-20,-18,-8,0,8,28,-29;
MA   /M: SY='N'; M=-11,16,-25,9,3,-22,-11,5,-24,16,-27,-15,23,-13,3,11,0,-5,-24,-28,-9,2;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-29,-8,3,-23,-19,-5,-27,32,-21,-9,-1,-16,9,48,-9,-9,-18,-20,-10,3;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-24,-21,-28,-19,-1,-28,-17,24,-15,18,27,-22,-22,-13,-15,-18,-8,20,-23,-4,-17;
MA   /M: SY='K'; M=-2,-7,-24,-11,-3,-15,-18,-10,-14,15,-15,-5,-3,-15,2,14,-6,-7,-9,-20,-9,-1;
MA   /M: SY='K'; M=0,0,-22,-5,2,-20,-14,-6,-13,7,-17,-7,6,-13,1,3,3,-2,-11,-27,-13,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-29,-21,12,-27,-13,17,-24,30,21,-23,-26,-17,-18,-21,-8,10,-18,4,-19;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-6,-14,-11,-8,-12,-17,-15,-8,-9,-9,-7,-2,-14,-4,-5,14,25,-2,-30,-11,-6;
MA   /M: SY='T'; M=-7,0,-15,-4,-4,-17,-13,-12,-17,1,-16,-10,2,-7,-5,-2,1,6,-14,-28,-14,-5;
MA   /I: I=-6; MD=-13;
MA   /M: SY='D'; M=-13,27,-25,35,9,-27,-6,1,-26,-1,-21,-19,15,-13,-2,-7,-2,-8,-21,-32,-15,4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-21,-12,-26,-22,0,-26,-15,12,-21,7,7,-17,-21,-19,-19,-13,-4,12,-19,-1,-22;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,10,-24,9,14,-27,-13,3,-21,5,-22,-12,12,-12,15,2,6,-3,-22,-30,-14,14;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-13,-22,-16,-6,-1,-22,-6,-2,-10,7,2,-10,-21,-4,-7,-12,-7,-5,-18,0,-5;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-28,-23,-33,-26,0,-33,-27,33,-25,13,12,-21,-18,-21,-25,-13,-5,28,-23,-4,-26;
MA   /M: SY='V'; M=9,-22,-9,-27,-21,-3,-22,-20,13,-19,9,7,-20,-23,-19,-20,-8,-2,20,-24,-9,-21;
MA   /M: SY='E'; M=3,1,-19,2,22,-22,-15,-6,-20,3,-13,-13,-1,-10,6,-3,-1,-7,-18,-26,-15,14;
MA   /M: SY='A'; M=31,-9,-6,-18,-12,-16,-6,-18,-6,-12,-8,-6,-7,-15,-11,-18,7,1,2,-25,-18,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-28,-15,-31,-22,8,-29,-21,20,-27,36,17,-27,-28,-21,-21,-24,-9,14,-20,-2,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-4,-27,-4,7,-25,-14,-6,-25,21,-22,-11,0,-9,9,25,-3,-7,-19,-23,-14,6;
MA   /M: SY='N'; M=-6,12,-23,9,12,-23,-7,-3,-25,7,-25,-17,16,-9,4,3,7,-1,-22,-31,-17,8;
MA   /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
MA   /M: SY='S'; M=7,-2,-16,-3,0,-22,0,-11,-21,-8,-27,-18,5,-3,0,-10,27,13,-13,-35,-20,0;
MA   /M: SY='E'; M=-1,6,-23,6,7,-23,-9,-8,-18,-3,-21,-15,7,-4,0,-6,7,1,-17,-31,-18,3;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-13,-21,-16,-12,1,-23,-5,1,-9,1,1,-9,-21,-11,-9,-8,-4,2,-19,4,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-25,-19,-28,-23,6,-29,-22,24,-25,27,15,-22,-28,-22,-20,-20,-7,21,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-10,2,-26,7,24,-21,-20,-6,-19,8,-16,-12,-2,-11,6,6,-3,-7,-13,-27,-14,15;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-18,-33,-28,2,-33,-28,34,-25,21,15,-27,-27,-25,-23,-17,-5,37,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='S'; M=2,9,-19,8,3,-25,-5,-6,-20,-5,-24,-16,11,-8,6,-8,16,6,-16,-33,-18,4;
MA   /M: SY='E'; M=-7,4,-28,9,23,-26,-5,-7,-23,-1,-16,-13,-1,-4,4,-7,-4,-11,-22,-27,-19,13;
MA   /M: SY='D'; M=-13,24,-28,32,15,-30,-5,2,-32,2,-24,-21,14,-12,1,-3,-1,-8,-26,-33,-17,8;
MA   /M: SY='G'; M=-7,-4,-25,-7,-4,-15,6,-11,-20,-1,-17,-7,1,-17,-6,-2,-3,-7,-16,-22,-14,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-10,-20,-11,-4,-10,-20,-13,-3,-7,1,1,-10,-18,-2,-8,-8,-3,-5,-24,-8,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-6,0,-25,-2,6,-23,-15,-5,-24,22,-23,-10,5,-13,8,25,0,-3,-18,-25,-13,6;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-18,-22,-21,-14,-9,-23,-18,9,-7,3,7,-14,-19,-12,-4,-12,-7,12,-24,-9,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-27,-9,-2,-19,-14,-5,-23,20,-16,-7,1,-19,4,40,-8,-7,-17,-22,-11,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-1,-27,2,5,-23,-15,-5,-25,13,-20,-13,0,-13,5,31,-3,-7,-16,-26,-14,2;
MA   /M: SY='K'; M=-10,3,-27,2,2,-23,-13,-6,-18,13,-20,-9,6,-14,1,10,-3,-7,-15,-27,-12,0;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-3,-30,-2,-3,-18,-19,-14,-17,2,-19,-13,-5,-6,-5,-1,-7,-3,-15,-1,-7,-4;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-1,-29,1,12,-28,-17,-8,-21,8,-24,-12,-2,17,8,-1,-1,-6,-22,-28,-19,9;
MA   /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-9,-25,-11,-5,-2,-22,-8,-8,0,-5,-4,-5,-20,-6,4,-10,-7,-8,-13,2,-7;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-13,-27,-11,-7,-17,-18,-17,-18,-7,-22,-16,-13,18,-9,-10,-6,-4,-19,0,-10,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-10,-23,-9,-3,-10,-21,-14,0,-9,4,-1,-12,-14,-9,-12,-11,-7,0,-24,-8,-7;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-5,-26,-3,1,-18,-19,-12,-10,-6,-10,-7,-7,3,-3,-6,-3,-3,-11,-26,-12,-3;
MA   /M: SY='T'; M=0,-1,-22,-3,4,-16,-16,-12,-13,-5,-11,-11,-2,-4,-4,-5,2,5,-11,-27,-14,-1;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=43(43); /POSITIVE=43(43); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH La-type RNA-binding;
CC   /VERSION=6;
DR   Q9C5Q8   , HEN1_ARATH , T; Q93ZV7    , LA1_ARATH  , T; 
DR Q0V7U7 , LA2_ARATH , T; P28048 , LAA_XENLA , T;
DR P28049 , LAB_XENLA , T; P87058 , LAH1_SCHPO , T;
DR Q659C4 , LAR1B_HUMAN, T; Q92615 , LAR4B_HUMAN, T;
DR Q6A0A2 , LAR4B_MOUSE, T; Q9I7T7 , LAR4_DROME , T;
DR D5MCN2 , LARP1_CAEEL, T; J9VT60 , LARP1_CRYNH, T;
DR Q6PKG0 , LARP1_HUMAN, T; Q6ZQ58 , LARP1_MOUSE, T;
DR Q71RC2 , LARP4_HUMAN, T; Q8BWW4 , LARP4_MOUSE, T;
DR Q9BRS8 , LARP6_HUMAN, T; Q8BN59 , LARP6_MOUSE, T;
DR Q7ZWE3 , LARP7_DANRE, T; Q9GSF8 , LARP7_EUPAE, T;
DR Q4G0J3 , LARP7_HUMAN, T; Q4R627 , LARP7_MACFA, T;
DR Q05CL8 , LARP7_MOUSE, T; Q5XI01 , LARP7_RAT , T;
DR W7X6T2 , LARP7_TETTS, T; Q28G87 , LARP7_XENTR, T;
DR Q9VAW5 , LARP_DROME , T; Q26457 , LA_AEDAL , T;
DR P10881 , LA_BOVIN , T; P40796 , LA_DROME , T;
DR P05455 , LA_HUMAN , T; P32067 , LA_MOUSE , T;
DR P38656 , LA_RAT , T; P33399 , LHP1_YEAST , T;
DR Q940X9 , LRP1A_ARATH, T; Q8RWR2 , LRP1B_ARATH, T;
DR Q94K80 , LRP1C_ARATH, T; Q94A38 , LRP6A_ARATH, T;
DR O80567 , LRP6B_ARATH, T; Q9LHL3 , LRP6C_ARATH, T;
DR Q12034 , SLF1_YEAST , T; P25567 , SRO9_YEAST , T;
DR Q9P6K0 , YLA3_SCHPO , T;
3D 1S7A; 1YTY; 1ZH5; 2CQK; 2MTF; 2VOD; 2VON; 2VOO; 2VOP; 3HTX; 4WKR; 6D6V; 3D 6I9B; 7LMA; 7LMB; 7SLP; 7SLQ; 7SOW; 7UY5; 7UY6; 8GAP; PR PRU00332; DO PDOC50961; //