PROSITE entry PS51120

ID   LDLRB; MATRIX.
AC   PS51120;
DT   01-MAY-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=43;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7791114; R2=0.0232049; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=381; N_SCORE=10.6; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=109; N_SCORE=4.3; MODE=1; TEXT='R?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=-9,7,-28,9,3,-29,8,-5,-31,5,-27,-17,9,-13,4,6,0,-10,-26,-26,-18,3;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-24,-10,-3,-9,-21,-2,-13,8,-9,-3,-2,-19,1,16,-8,-5,-12,-16,2,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-29,-22,-33,-25,5,-32,-24,31,-27,29,20,-25,-24,-20,-23,-22,-8,22,-21,-2,-24;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-23,-21,-26,-23,38,-30,5,-1,-17,2,-1,-21,-30,-19,-14,-20,-11,-7,23,58,-23;
MA   /M: SY='W'; M=-19,-36,-42,-38,-28,21,-23,-24,-13,-20,-12,-13,-34,-30,-21,-18,-34,-24,-22,110,32,-21;
MA   /M: SY='T'; M=8,-11,-10,-17,-14,-11,-16,-21,1,-15,-5,-4,-8,-16,-13,-16,9,17,8,-29,-13,-14;
MA   /M: SY='D'; M=-17,38,-27,52,17,-34,-11,1,-34,-1,-27,-25,17,-11,1,-9,1,-7,-26,-38,-18,9;
MA   /M: SY='A'; M=1,-12,-24,-16,-11,-10,-12,-13,-9,-10,-11,-7,-9,-16,-6,-10,-3,-4,-8,1,-3,-9;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-3,-24,-4,-4,-17,-1,-7,-19,-1,-17,-10,1,-16,-4,-1,0,-4,-15,-22,-11,-5;
MA   /I: I=-17; MD=-17;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-4,-21,-6,-1,-11,-17,-7,-11,-3,-5,-4,-3,-17,0,0,-2,2,-10,-23,-7,-1; D=-17;
MA   /I: I=-17; MD=-17;
MA   /M: SY='D'; M=-9,8,-26,10,7,-25,-7,2,-25,4,-20,-12,7,-10,5,4,0,-8,-22,-28,-13,5; D=-17;
MA   /I: I=-17; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-8,-18,-11,-7,-14,-14,-10,-12,3,-11,-4,-5,-18,-4,7,-2,0,-6,-22,-8,-7;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-28,-27,-36,-27,1,-34,-26,39,-28,20,18,-21,-22,-20,-27,-19,-9,25,-19,0,-27;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-1,-23,1,13,-14,-14,-3,-20,-1,-15,-12,-1,-13,3,-1,0,-5,-18,-20,-7,7;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-12,-14,-14,-9,-12,-19,-9,-10,2,-12,-5,-7,-20,-5,14,-2,-2,-2,-24,-8,-9;
MA   /M: SY='A'; M=13,-11,-4,-18,-14,-13,-13,-17,-2,-14,-7,-3,-8,-17,-12,-17,3,1,4,-28,-15,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-9,9,-23,8,2,-18,-11,0,-23,4,-20,-13,10,-16,0,4,0,-4,-20,-24,-9,0;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-21,-24,-23,-15,3,-26,-12,8,-12,13,12,-19,-18,-11,-11,-18,-8,2,-11,6,-14;
MA   /M: SY='D'; M=-13,30,-26,36,10,-28,-8,2,-30,-1,-25,-21,19,-12,0,-6,2,-5,-25,-33,-16,5;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-5,-27,-5,-13,-28,49,-17,-35,-15,-28,-19,2,-17,-15,-16,3,-13,-26,-23,-27,-14;
MA   /I: I=-18; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-1,-17,-3,0,-16,-9,-6,-14,-4,-13,-9,1,-12,0,-3,8,8,-9,-26,-12,0; D=-18;
MA   /I: I=-18; DM=-18;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-24,7,3,-20,-4,5,-23,-2,-21,-14,11,-13,1,-2,3,-3,-21,-27,-11,1;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-6,-20,-8,-2,-16,-18,-3,-19,6,-15,-9,0,-15,1,22,-5,-6,-14,-22,-9,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-6,-24,-6,4,-19,-19,-7,-14,7,-13,-6,-4,-12,4,10,-3,-2,-9,-25,-11,2;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-13,-18,-17,-13,-9,-24,-18,7,-11,-2,2,-12,-16,-11,-11,-2,9,12,-26,-8,-13;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-25,-20,-28,-22,2,-29,-21,23,-22,24,14,-22,-26,-19,-18,-18,-7,20,-23,-4,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-4,-25,-19,-29,-23,4,-28,-21,20,-22,16,10,-22,-24,-20,-19,-15,-6,19,-18,-1,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-3,3,-20,0,1,-18,-12,-4,-17,0,-17,-10,5,-15,3,0,5,1,-14,-26,-10,2;
MA   /M: SY='N'; M=-5,4,-22,3,3,-21,-6,-3,-20,-2,-20,-13,8,-12,2,-3,7,1,-16,-29,-14,2;
MA   /I: I=-21; MD=-22;
MA   /M: SY='N'; M=-6,4,-21,4,-1,-20,1,-2,-21,-3,-18,-11,6,-11,-1,-4,3,-3,-18,-24,-12,-2; D=-21;
MA   /I: I=-21; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-17,-21,-19,-14,-2,-23,-16,10,-18,14,7,-14,-20,-14,-15,-13,-5,8,-24,-6,-15;
MA   /M: M=-5,-3,-24,-2,-1,-18,-7,-4,-16,-5,-14,-8,-2,-11,-2,-5,-2,-5,-13,-24,-10,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-8,-25,-11,-6,-11,-15,3,-12,-6,-10,-4,-3,-17,0,-2,-6,-5,-13,-11,-1,-4;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-18,-30,-13,-6,-21,-20,-20,-8,-12,-17,-11,-17,47,-12,-18,-7,-5,-12,-29,-22,-12;
MA   /M: SY='H'; M=-10,-1,-23,-3,1,-6,-17,6,-16,-3,-13,-7,2,-17,-2,2,-4,-6,-14,-21,0,-2;
MA   /M: SY='G'; M=7,-3,-21,-4,-9,-25,21,-14,-25,-13,-22,-16,0,-9,-10,-16,5,-7,-18,-26,-23,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-33,-24,9,-32,-22,28,-26,29,20,-24,-25,-19,-21,-23,-9,18,-18,2,-23;
MA   /M: SY='A'; M=21,-9,-12,-15,-11,-16,-8,-19,-7,-10,-10,-8,-9,-14,-11,-15,7,6,3,-24,-16,-11;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-27,-18,-30,-25,7,-30,-23,24,-23,17,12,-24,-27,-23,-21,-16,-4,26,-20,1,-25;
MA   /M: SY='D'; M=-16,21,-25,30,4,-16,-16,5,-25,-6,-19,-17,7,-16,-6,-10,-4,-8,-19,-26,-3,-1;
MA   /M: SY='W'; M=-11,-16,-34,-14,-6,-10,-17,-1,-14,-12,-14,-10,-14,-1,-7,-13,-15,-14,-19,14,4,-8;
MA   /M: M=-7,-10,-22,-11,-8,-7,-20,-11,-3,-10,-3,-2,-9,-14,-9,-11,-8,-5,-3,-20,-3,-9;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-1,-22,-3,0,-16,-5,-2,-19,-3,-17,-11,2,-15,-1,-3,4,-1,-16,-21,-8,-1;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=765(67); /POSITIVE=765(67); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=5; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=37;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=LDL-receptor class B;
CC   /VERSION=3;
DR   B3M8G0   , CUE_DROAN  , T; B3NBB6    , CUE_DROER  , T; 
DR   B4IXJ2   , CUE_DROGR  , T; Q95RU0    , CUE_DROME  , T; 
DR   B4L8V5   , CUE_DROMO  , T; B4H1F5    , CUE_DROPE  , T; 
DR   Q29FE9   , CUE_DROPS  , T; B4HVU2    , CUE_DROSE  , T; 
DR   B4QMF4   , CUE_DROSI  , T; B4LCX4    , CUE_DROVI  , T; 
DR   B4MLE8   , CUE_DROWI  , T; B4PD96    , CUE_DROYA  , T; 
DR   Q9BEA0   , EGF_CANLF  , T; Q95ND4    , EGF_FELCA  , T; 
DR   P01133   , EGF_HUMAN  , T; P01132    , EGF_MOUSE  , T; 
DR   Q00968   , EGF_PIG    , T; P07522    , EGF_RAT    , T; 
DR   Q99087   , LDLR1_XENLA, T; Q99088    , LDLR2_XENLA, T; 
DR   P01131   , LDLR_BOVIN , T; P35950    , LDLR_CRIGR , T; 
DR   P01130   , LDLR_HUMAN , T; P35951    , LDLR_MOUSE , T; 
DR   Q28832   , LDLR_PIG   , T; P20063    , LDLR_RABIT , T; 
DR   P35952   , LDLR_RAT   , T; Q9NZR2    , LRP1B_HUMAN, T; 
DR   Q9JI18   , LRP1B_MOUSE, T; P98157    , LRP1_CHICK , T; 
DR   Q07954   , LRP1_HUMAN , T; Q91ZX7    , LRP1_MOUSE , T; 
DR   G3V928   , LRP1_RAT   , T; P98164    , LRP2_HUMAN , T; 
DR   A2ARV4   , LRP2_MOUSE , T; C0HL13    , LRP2_PIG   , T; 
DR   P98158   , LRP2_RAT   , T; O75096    , LRP4_HUMAN , T; 
DR   Q8VI56   , LRP4_MOUSE , T; Q9QYP1    , LRP4_RAT   , T; 
DR   A4QPB2   , LRP5L_HUMAN, T; O75197    , LRP5_HUMAN , T; 
DR   Q91VN0   , LRP5_MOUSE , T; O75581    , LRP6_HUMAN , T; 
DR   O88572   , LRP6_MOUSE , T; Q98931    , LRP8_CHICK , T; 
DR   Q14114   , LRP8_HUMAN , T; Q924X6    , LRP8_MOUSE , T; 
DR   Q04833   , LRP_CAEEL  , T; A1Z877    , NDG_DROME  , T; 
DR   P14543   , NID1_HUMAN , T; P10493    , NID1_MOUSE , T; 
DR   Q14112   , NID2_HUMAN , T; O88322    , NID2_MOUSE , T; 
DR   B5DFC9   , NID2_RAT   , T; Q98930    , SORL_CHICK , T; 
DR   Q92673   , SORL_HUMAN , T; O88307    , SORL_MOUSE , T; 
DR   Q95209   , SORL_RABIT , T; P0DSP1    , SORL_RAT   , T; 
DR   Q6X0I2   , VGR_SOLIN  , T; P98165    , VLDLR_CHICK, T; 
DR   P98155   , VLDLR_HUMAN, T; P98156    , VLDLR_MOUSE, T; 
DR   P35953   , VLDLR_RABIT, T; P98166    , VLDLR_RAT  , T; 
DR   P98163   , YL_DROME   , T; 
DR   P13368   , 7LESS_DROME, N; P20806    , 7LESS_DROVI, N; 
DR   Q16YE7   , CUE_AEDAE  , N; Q7QIQ6    , CUE_ANOGA  , N; 
DR   B0WH58   , CUE_CULQU  , N; 
3D   1IJQ; 1N7D; 1NPE; 3M0C; 3P5B; 3P5C; 3S2K; 3S8V; 3S8Z; 3S94; 3SOB; 3SOQ; 
3D   3SOV; 3V64; 3V65; 4A0P; 4DG6; 5B4X; 5FWW; 5GJE; 6H15; 6H16; 6L6R; 7NAM; 
3D   8CTG; 8DVL; 8DVM; 8DVN; 8EM4; 8EM7; 8FFE; 8S9P; 
PR   PRU00461; 
DO   PDOC51120;
//